مراجع تقلید وی را مروج مهدویت می‌دانستند

آیت‌الله موسوی‌خلخالی، یک عالم انقلابی بود و مسجد صدریه را در کنار همه فعالیت‌های معرفتی در حوزه دینی، به پایگاهی برای نشر فرهنگ انقلاب اسلامی تبدیل کرده بود. وی باور داشت ولی‌فقیه، استمرار حرکت انبیاء و ائمه اطهار (ع) است.