مراجع تقلید وی را مروج مهدویت می‌دانستند
آیت‌الله موسوی‌خلخالی، یک عالم انقلابی بود و مسجد صدریه را در کنار همه فعالیت‌های معرفتی در حوزه دینی، به پایگاهی برای نشر فرهنگ انقلاب اسلامی تبدیل کرده بود. وی باور داشت ولی‌فقیه، استمرار حرکت انبیاء و ائمه اطهار (ع) است.
گزارش این مسجد در روز اول دی ماه در شبستان «مسجدی که شهرتش را مدیون امام زمان(عج) است»، منتشر شد و در شامگاه همان روز، آیت الله موسوی به لقاءالله پیوست.
وی متولد سال 1304 (هجری شمسی) در شهر رشت بود و در شانزده سالگی به نجف اشرف برای تحصیل علوم دینی عزیمت کرد. موسوی خلخالی دروس رسائل و مکاسب و کفایه را از استادانی همچون آیات عظام مجتبی لنکرانی، حسن یزدی، مرتضی طالقانی و محمدتقی ایروانی آموخت و پس از آن از سال 1325 تا 1339 به مدت پانزده سال با حضور در درس خارج فقه و اصول آیات عظام حسین حلی، حکیم و سید ابوالقاسم خوئی، شاکله فقهی اجتهادی خود را بنیان نهاد.
آیت‌الله موسوی خلخالی، همبحث آیت الله مرتضی بروجردی و در درس خارج نیز همدوره حضرات آیات سید علی سیستانی، حسین وحید خراسانی، میرزاعلی فلسفی، میرزا جواد تبریزی، شهید محمدباقرصدر، سیدعلی شاهرودی، اسحاق فیاض و محمدتقی جواهری بود. وی در نجف همزمان با تحصیل، به تدریس مقدمات و دروس عالیه حوزه از ادبیات و لمعه و معالم تا رسائل و مکاسب و کفایه نیز اشتغال داشت.
با عزت و احترام به مسجد آمد
آیت الله موسوی خلخالی در سال 1339 پس از گذشت 18 سال حضور در نجف اشرف، به ایران بازگشت و در تهران سکونت گزید و در مدت 45 ساله حضور در این شهر به تدریس در سطوح عالیه تا خارج فقه و اصول و نیز تحقیق و پژوهش و تالیف پرداخت و با قبول امامت جماعت مسجد صدریه، خود را در دسترس مردم قرار داد ضمن آنکه تاسیس کتابخانه و حوزه از دیگر اقدامات وی در این مدت به شمار می رفت.
جانشین میرزاعلی فلسفی در حوزه آیت الله العظمی خویی
مدرسه آیت الله خویی شاید مهم ترین مدرسه علمیه در مشهد است و همیشه شخصیت های برجسته علمی در آنجا تدریس می کردند که یکی از آنها آیت الله علی فلسفی بود. وقتی وی در سال 1358 درگذشت، علمای طراز اول مشهد و مسئولان این حوزه از آیت الله موسوی خلخالی برای تدریس در این مدرسه ریشه دار و مهم دعوت کردند و همین موضوع سبب سکونت دائمی وی در جوار بارگاه ملکوتی حضرت امام رضا (ع) شد.
آیت الله موسوی خلخالی با هجرت به مشهد، شیخی را به جانشینی خود در مسجد صدریه برگزید و در سال های اولیه، سالی چندین بار به این خانه خدا می آمد ولی با افزایش سن و بروز کسالت و بنابر توصیه موکد پزشکان، امکان مسافرت برای وی، کمتر و کمتر شد تا اینکه در یکی دو سال اخیر حتی در شب نیمه شعبان نیز به این مسجد نمی آمد. البته ساختمانی که وی پی اش را بنا گذاشته بود آنقدر محکم و جاندار بود که به کار خویش ادامه داد.
کتبی گرانسنگ به ویژه در حوزه تقریرات درس بزرگان حوزه نجف
تقریرات درس خارج آیات فقه و اصول آیت الله العظمی خویی (دوره فقه شیعه)، الرضاع، الانفال، حاکمیت در اسلام، شریعت و حکومت و تحریف ناپذیری قرآن از مهم ترین آثار آیت الله موسوی خلخالی است.
از این ها که بگذریم باید به این موضوع نیز اشاره کرد که آیت الله موسوی خلخالی، یک عالم انقلابی بود و مسجد صدریه را در کنار تمام فعالیت های معرفتی در حوزه دینی، به پایگاهی برای نشر فرهنگ انقلاب اسلامی تبدیل کرده بود. وی باور داشت که ولی فقیه، استمرار حرکت انبیا و ائمه اطهار (ع) است و انقلاب اسلامی را نعمت بزرگ خداوند می دانست. وی همچنین نقش مشاور را در تدوین قانون اساسی نظام جمهوری اسلامی داشت.
پیام تسلیت مراجع عظام تقلید
بسیاری از شخصیت های برجسته علمی کشور در پی درگذشت آیت الله موسوی خلخالی، پیام تسلیت صادر کردند که در ادامه به بعضی از آنها اشاره می شود.
آیت الله العظمی صافی گلپایگانی در متن پیام خود تاکید کرد: «آن فقیه عالی مقام در حوزه علمیه نجف اشرف به مقام والای اجتهاد و استنباط در احکام شریعت رسید و در تهران با تاسیس مراکز بزرگ مذهبی، معارف نورانی قرآن و عترت به ویژه فرهنگ مهدویت را ترویج نمود ... این جانب از سالیان دور آن فقید سعید را از نزدیک می‌شناختم و ایشان را عالمی متعهد، وارسته، متواضع و دارای مکارم اخلاق و صفای باطن می‌دانستم»
آیت الله العظمی سیستانی، نیز در پیامی تصریح کرد: «فقدان آن بزرگوار که سال‌های متمادی از عمر بابرکت خویش را در راه خدمت به دین و عقیده به ویژه در تألیف و تدریس و تربیت طلاب سپری کردند، ضایعه‌ای بزرگ است.»
آیت الله العظمی مکارم شیرازی، نیز چنین نوشت: «این عالم فرزانه سال ها از طریق درس خارج فقه و اصول به تربیت گروه زیادی از طلاب حوزه علمیه پرداخت. درس او مورد استقبال گروه عظیمی از طلاب حوزه علمیه مشهد بود و اکنون جای او در این حوزه علمیه بزرگ شیعه خالی است.»
به هر روی آیت الله موسوی خلخالی که از بنیانگزاران چراغانی و نورافشانی بسیار گسترده جنوب شهر تهران در ایام ولادت حضرت ولی عصر (عج) بود، در سن 94 سالگی درگذشت و پیکر وی پس از اقامه نماز توسط آیت‌الله مصطفی اشرفی شاهرودی از استادان برجسته خارج فقه و اصول حوزه علمیه مشهد، پس از تشیع باشکوه در مشهد، در رواق دارالزهد حرم مطهر حضرت علی بن موسی الرضا (ع) آرام گرفت.